Theo Larry Berman, ông bị nghi kị và bị quản chế tại gia, không được xuất ngoại, bị cấm tiếp xúc với bên ngoài, đặc biệt với giới báo chí ngoại quốc do cách suy nghĩ, cư xử "rất Mĩ" của ông cũng như việc ông giúp bác sĩ
Trần Kim Tuyến ra khỏi Việt Nam vào ngày 30 tháng 4 năm 1975. Cho đến năm 1986, sự quản chế mới được nới lỏng dần. Trong vòng gần 10 năm, luôn có một nhân viên công an được giao nhiệm vụ canh gác trước cửa nhà ông. Nhà báo Hoàng Hải Vân trong các cuộc trao đổi riêng với Larry Berman đã bác bỏ những ý kiến trên. Thứ nhất, Phạm Xuân Ẩn được phong Anh hùng ngay đợt đầu tiên sau chiến tranh, điều không thể xảy ra đối với người bị nghi ngờ về nhân cách. Thứ hai, quân hàm của Phạm Xuân Ẩn lúc kết thúc chiến tranh chỉ là trung tá, sau đó mới thăng dần dần lên thiếu tướng. Thứ ba, chuyện đi học chính trị tương ứng với cấp hàm của mình là quy định bắt buộc với sĩ quan, ông Ẩn chưa trải qua lớp đào tạo tương ứng nên phải đi học bổ sung sau chiến tranh là bình thường.
[9]
Năm
1990,
Đại tá Phạm Xuân Ẩn được thăng cấp
Thiếu tướng. Năm
1997, chính phủ Việt Nam từ chối cấp visa cho Phạm Xuân Ẩn đi Hoa Kỳ để dự một hội nghị ở thành phố
New York mà ông được mời với tư cách khách đặc biệt do ông tuổi già và sức yếu thế nhưng ông Ẩn lại chia sẻ rằng
"Họ không hiểu tôi, thế nên họ sợ tôi. Tôi có thể hiểu được hoàn toàn lý do vì sao không ai muốn kí vào thị thực xuất cảnh của tôi và chịu trách nhiệm về việc cho phép tôi ra nước ngoài, họ sợ rằng tôi có thể hủy hoại sự nghiệp của họ nếu tôi nói hoặc làm điều gì đó sai" . Năm
2002, ông về hưu